La protección del medio ambiente es supervisada por la Agencia de Protección Ambiental de la República de Serbia (SEPA), una parte del Ministerio de Ciencia y Protección Ambiental. Según datos de la misma, los bombardeos de la OTAN de 1999 causaron daños duraderos al medio ambiente de Serbia, con varios miles de toneladas de productos químicos tóxicos que se encontraban almacenados en fábricas y fueron vertidos al suelo, la atmósfera y las cuencas hidrográficas, afectando a los seres humanos y la fauna.
